过敏菌商城健康人的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物，这些微生物称为肠道菌群。肠道菌群按一定的比例组合，各菌间互相制约，互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用广谱抗生素，敏感肠菌被抑制，未被抑制的细菌而乘机繁殖，从而引起菌群失调，其正常生理组合被破坏，而产生病理性组合、引起临床症状就称为肠道菌群失调症。
病因
1.饮食因素
饮食可使粪便菌丛发生明显改变。无纤维食物促进细菌易位。纤维能维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学。食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常。
2.菌丛的变化因素
菌丛组成可因个体不同而存在差异，但对同一个人来说，在相当长的时期内菌丛组成十分稳定。每个菌种的生态学地位由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定。
3.药物的代谢因素
肠道菌丛在许多药物的代谢中起重要作用，包括乳果糖、水杨酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可导致肠道菌丛的改变，其取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度。氯林可霉素和氨苄青霉素等容易引起菌群失调，使耐药的艰难梭菌大量繁殖而致病，导致抗生素相关性腹泻（伪膜性肠炎）。应用甲氰咪胍等H2—受体拮抗剂可导致药物性低胃酸和胃内细菌增殖。
4.年龄因素
随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双歧杆菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫机能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能维持年青时的肠道菌群平衡，也许能够提高免疫能力。
5.胃肠道免疫功能障碍
胃肠道正常免疫功能来自黏膜固有层的浆细胞，浆细胞能产生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此为胃肠道防止细菌侵入的主要物质。一旦胃肠道黏膜合成单体或双体IgA，或合成分泌片功能发生障碍，致使胃肠道分泌液中缺乏分型IgA，则可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。无症状的IgA缺乏者，小肠内菌群亦可过度繁殖。新生儿期菌群失调发生率较高，亦可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。
白色念珠菌感染一般多从上消化道开始，蔓延到小肠甚至肛周，鹅口疮常是白色念珠菌肠炎最早的信号，如小肠黏膜糜烂或溃疡可引起多次的无臭黏液脓性粪便，有时可呈水泻，伴有消化不良，如治疗不及时，可扩散至呼吸道、泌尿道甚至脑组织；绿脓杆菌感染能产生蓝绿色荧光素使粪便带绿色，但并不经常引起腹泻，个别病例粪便中有粉一般腹痛轻，少数伴恶心、呕吐、多有水、电解质紊乱，重症可发生休克。有些旅游者可能因气候和环境的改变而发生肠道菌丛失调俗称水土不服。近年来，由于冰箱的普及使用，有的家庭储存大量的肉食品及疏莱，过久的储存使食物变质，食用后引起肠道菌群失调，造成呕吐、腹泻，有的出现精神不集中甚至精神恍惚。
1.白色念珠菌性肠炎
是肠道菌群失调症最常见的一种。多见于瘦弱的婴儿、消化不良、营养不良、糖尿病、恶性肿瘤、长期应用抗生素或激素的患者。
2.葡萄球菌性肠炎
多见于长期应用抗生素（四环素类、氨苄青霉素等）、肾上腺皮质激素和进行肠道手术的老年患者或慢性病患者。
3.产气荚膜杆菌性急性坏死性肠炎
产气荚膜杆菌所产生的β霉素可引起急性坏死性肿瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮质激素等情况下最易发生感染。
4.绿脓杆菌肠道感染
绿脓杆菌为条件致病菌，常为继发感染，在婴幼儿、老人、某些恶性肿瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮质激素等情况下最易发生感染。
5.变形杆菌肠道感染
变形杆菌在一定条件下可为条件致病菌，如普通杆菌、奇异杆菌、摩根氏变形杆菌均可引起食物中毒，无恒变形杆菌可引起婴幼儿夏季腹泻。
6.肺炎杆菌肠道感染
当机体抵抗力降低或其他原因，正常寄生在肠道的肺炎杆菌可引起感染，特别是小儿的严重腹泻。
