过敏菌商城肠道微生物对新生儿免疫激活和身体的发育非常重要。哺乳能够促使母乳源型微生物（ＭＯＭ）的形成，ＭＯＭ的作用是促进健康的肠道菌群的形成，并且抑制病原菌。健康的肠道菌群的发育取决于母亲、婴儿和复杂环境相互作用。在出生时，肠道菌群波动性较大，经历最初几年的几个转变之后才趋于稳定。开始的菌群主要通过饮食衍生，而母乳喂养为肠道菌群的建立提供了良好的机会，母乳成分中特有的物质可以支持肠道菌群健康的发展.
与其他食物喂养的婴儿相比纯母乳喂养能够促进ＭＯＭ（母乳源型微生物）的生长，为婴儿健康成长带来很大的益处。通过对母乳喂养的婴儿粪便细菌的检测，发现其中双歧杆菌的数量占总菌数的70％~80％，B.longum、B.breveＢ是最常见的菌种，通过菌种基因检测发现母乳中婴儿难消化的复杂的糖结构是这些细菌的重要食物来源。
母乳喂养提供了连续不断的细菌来源。Martin等2003年指出：母乳是没被外源性皮肤污染的内源性乳酸菌的来源，婴儿肠道菌群建立的假设中进一步强调了母亲的健康状况的重要性，因为它涉及到外源性和内源性微生物环境。Hunt等在2011年研究发现９种核心细菌属（金黄色葡萄球菌、链球菌、沙雷菌属、铜绿假单胞菌、棒状杆菌、青枯菌、痤疮丙酸杆菌、鞘氨醇单胞菌和慢性根瘤菌）约占母乳中细菌总数的50％。
为了促进有益细菌的生长，培养健康的肠道生态系统，对潜在有害微生物的生长进行限制是有必要的。肠道中有益有害的细菌很难分开，减少有害细菌的数量便可以解放出有益微生物的生态位置。糖基化母乳蛋白质如乳铁蛋白、溶菌酶、免疫球蛋白影响肠道有害微生物的生长繁殖，具有保护婴儿免受感染的功能。在婴儿肠道内糖基化蛋白质成为抵御潜在病原菌致病的第一道防线，常以重叠的机制发挥其保护作用。这些物质不但能影响肠道菌群生长，还能在调节婴儿免疫系统和刺激上皮屏障功能中发挥作用。
婴儿时期的喂养方式也是影响婴儿肠道菌群建立的重要因素。配方奶喂养婴儿的肠道双歧杆菌数量明显低于母乳喂养婴儿，主要以梭菌、拟杆菌、肠球菌及肠杆菌为主。母乳中含有丰富且不易被机体消化的母乳寡糖（humanmilk oligosaccharides， HMOs）HMOs可促进婴儿肠道中双歧杆菌的定植，而双歧杆菌可以有效代谢HMOs， 并产生乳酸和短链脂肪酸，为肠道提供一个酸性环境，从而抑制了致病菌的侵入。
所以综合上文来看还是母乳喂养比较有利于孩子菌群重建。可以对潜在有害微生物的生长进行限制，与之对比，有益相较于有益菌则比例更大，肠道菌群会更加健康，孩子身体自然也更健康了。
