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我们人类生活在一个充满了微生物的环境中，微生物和人类的正常生活息息相关，就人类体内存在的微生物而言主要有细菌，古细菌，病毒等。据统计，人体内除了有约500万亿自体细胞外，还存在10倍左右的共生微生物。数千万年来，这些共生微生物与人体共同进化，广泛分布于人体的皮肤、呼吸道、消化道、生殖道、尿道以及内环境中。对于这些共生微生物，它们一方面在不损害人体的情况下与人类共存，甚至会与人体形成一种互利互惠的关系，例如，肠道中的乳酸杆菌(Lactobacillus)、双歧杆菌(Bifidobacterium)，它们不但不会对人体造成伤害，还对人体有保健作用，能合成很多人体需要的维生素，直接参与营养物质的消化吸收以及蛋白质、脂肪的代谢，这样的微生物被称为人体益生菌；另一方面有些微生物本身或者其代谢产物对人体有害，例如，肠道菌产生的细胞内毒素Lipopolysaccharides(LPS)，在对肝癌的发展中起到了重要作用。大多数的共生微生物在宿主体内的作用还不是很清楚，那些在正常情况下，不会引起人体疾病的微生物通常又被称为正常菌群。
在人体不同部位的菌群差异也很大。人体皮肤上的菌群主要有葡萄球菌属，丙酸菌属，这些菌群在保护皮肤健康，阻挡致病微生物侵入人体和维持自身免疫上具有重要意义；而在呼吸道黏膜上，则以甲型链球菌为主；在女性生殖道中最丰富的微生物是乳酸菌属，它们在预防生殖道感染和维持生殖道健康中具有重要作用。在此之前，人们普遍认为健康人的内环境，如血液，是一个完全无菌的环境，但是，随着高通量基因测序技术的发展，越来越多的证据表明，人体的内环境中是存在很少量的共生微生物的，由于其丰度极低，通常难以被体外培养，所以一直没有被人们发现。
这些对人体有益的共生微生物，已成为除皮肤以外人体的又一道重要的免疫屏障，各部位菌群的健康、平衡与稳定，对于人体的健康至关重要。通过维持人体微生态的平衡，可以平衡人体的免疫系统，逐渐消除慢性炎症，还可以防治因慢性炎症诱发的各种疾病，例如，高血压，高血脂，高血糖，高尿酸，心脑血管疾病，慢性肾病，癌症，慢性肝病，癫痫，甲状腺功能亢进，甲状腺功能减退，哮喘，口干症，哮喘，强直性脊柱炎，风湿与类风湿性关节炎，红斑狼疮，银屑病，白癜风，结肠炎，神经系统疾病等。
