过敏菌商城对炎症性肠病患者的结肠组织和粪便进行一系列检测发现，肠杆菌、乳酸菌、双歧杆菌、大肠杆菌、梭状芽孢杆菌、乳酸杆菌、肠杆菌、拟杆菌、变形菌、普氏菌、溶 组 织 棱 状 芽 孢 杆菌、直肠真杆菌、拟球梭菌、柔嫩梭菌群、普通拟杆菌、真细菌、卵形拟杆菌、脆弱拟杆菌、普氏消化链球菌、短双歧杆菌、肉毒梭状芽孢杆菌、艰难梭状芽孢杆菌、 E. coli O157 、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等细菌较健康组通常发生变化。
UC患者直肠黏膜上附着的肠杆菌同健康人相比，数量较低，而粪便样本却高于健康组，这可能与微生物在结肠中呈分层分布，在粪便中则呈水平分布有关，而肠杆菌数量在UC患者结肠黏膜和粪便样本中均高于健康对照组。除UC患者外，CD患者的结肠和粪便样本中均能检测出肠杆菌。
IBD病因和发病机制尚不明确，有待深入研究。目前其发病因素主要涉及环境、遗传易感性和免疫异常。
近年研究发现肠道内致病菌与正常细菌比例失调可能是导致IBD发病的主要诱因之一。
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IBD：炎性肠病
而肠道内致病菌分泌的肠毒素可使肠上皮通透性增高，使致病菌直接侵袭、损伤肠上皮细胞；当致病菌分泌免疫抑制性蛋白时，可使肠道黏膜免疫失调；当某一类细菌过度定植时，会影响肠上皮细胞的能量代谢，导致上皮细胞损伤，使肠道发生炎症反应。
有研究发现IBD患者肠黏膜伴有E. coli存在，并且能够激活转录因子NF-KB，NF-KB是一种具有多向转录调节作用的转录因子，与炎症反应相关基因的转录调控有关，而许多与UC相关的促炎因子都存在NF-KB结合位点，由此可说明部分肠道致病菌是促使IBD发病的潜在因素。
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E. coli：大肠杆菌
NF-KB：NF－kB在胞浆与抑制性蛋白质结合形成无活性的复合物
学者研究葡聚糖硫酸钠诱导的急性及慢性溃疡性结肠炎模型小鼠的肠道细菌，发现肠道菌群对急性溃疡性结肠炎小鼠肠道炎症反应具有重要影响。有研究表明肠道细菌参与炎症性肠病的炎症反应。
肠道内固有菌群与IBD的关系是近年研究的热点。IBD多见于直肠、结肠、回肠等肠道接触细菌最多的部位，因此许多学者推测肠道菌群平衡被破坏，可能是炎症性肠病的致病因素之一。
而菌群所表现出的失衡特点，可考虑作为临床上疾病诊断的辅助手段之一，并作为炎症性肠病分型的重要参考依据。该方法可有效缓解肠病患者肠道镜检的痛苦，并为疾病的分型提供重要参考依据。
研究发现以下细菌可参考作为IBD诊断及分型的重要依据：肠道粪便中的微生物具有高度空间结构，将炎症性肠病患者粪便进行石蜡切片，可研究其菌群分布情况并分析疾病活动性。
