过敏菌商城许多中药（中药单一成分、单味中药或复方）可以减轻与病理学相关的肠道菌群失调。在体外实验中很多中药提取物表现出对某些病原微生物的抑制作用（抑制病原微生物附着于肠道上皮、细胞入侵和肠内定殖）。
绿茶、三七等 55 种中药对肠炎的作用，发现改变肠道菌群组成就是其改善肠炎的机制之一。溃疡性结肠炎急性发作期的患者，大肠杆菌、肠球菌及梭菌数量增加，乳杆菌和双歧杆菌等益生菌数量降低。
其中，香菇多糖提高了肠道内容物中短链脂肪酸乙酸、丙酸和丁酸的量，而黄芪多糖只提高了肠内容物中乙酸的含量。
中药对肠道菌群有扶植的作用。据Chang等、Guo等关于肠道菌群的研究表明，服用补益功效的中药，如黄芪、人参、刺五加等，有助于肠道中正常菌群的生长，起到提高肠道活力的作用。
冯兴忠等首先将小鼠造模成肠道菌群紊乱，然后灌服补中益气汤进行治疗，发现小鼠肠道中细菌的菌值均有所恢复，且与正常组小鼠中的肠道益生菌无差异，小鼠肠黏膜的损伤得到修复。
为了进一步证明中药对肠道菌群有影响，祖先鹏等近十年来在研究中发现，具有补益功效的中药在体外的实验中既不杀菌也不灭菌，而口服之后却有扶植肠道中正常菌群的良效，原因在于肠道菌群充分发挥拮抗作用，从而提高定植抗力。这不仅与中医治病“调整阴阳，扶正祛邪”的传统理论一致，也为中药在临床上的推广提供了科学依据。
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拮据作用： 两种以上药物合并使用后，使作用减弱或消失，多数情况下不宜配对使用。
中医理论中，无明显原因的慢性腹泻和便秘是反映患者的肠道菌群遭到破坏的表现。
祖先鹏等在研究中发现，肠胃功能弱的人在服用清热解毒、药性偏寒凉作用的中药时，会破坏自身的肠道菌群，从而导致肠道菌群紊乱，例如：
中药番泻叶。番泻叶本身无泻下作用，真正的泻下原因是番泻叶中含有蒽酮苷类化合物番泻苷元。
番泻苷元由肠道内双歧杆菌分泌的β－Ｄ－葡萄糖苷酶水解生成，后经小肠的充分吸收发挥泻下的作用。因此，中药经肠道菌群的转化后，可能会起到破坏肠道菌群的作用，严重时可直接导致癌症的发生发展，如结肠癌、胰腺癌等。同时，据外国杂志报道，中药的乱用不但会破坏肠道菌群，严重时也可导致许多疾病的发生，如肥胖、２型糖尿病等。
中药的治愈效果和致毒效果因为食用的中药里面含有一些可以和体内细菌产生反应的天然成分。但是中药中不是全部都是有效成分，所以最好食用的是可用于调节肠道菌群的中药中的药食同源的那一部分，既是食物，也有疗效。
文章参考自：《中国微生态学杂志——肠道菌群在中药研究中的应用概况孙环宇，白云，颜培宇，刘萍》、《中草药——中药调节肠道菌群改善人体健康的研究进展王雨珊，李万丛，游 颖，范静静，刘梦杨，胡书蒙，王玉华》
