过敏菌商城服用益生菌1-4周
由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以这个时候人体会开始感受到病症的改善。服用益生菌8-12周
坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
服用益生菌12周以上
当益生菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌(有害菌很难被完全杀死，多数处于休眠状态)卷土重来，健康专家建议在服用过12周的益生菌之后，可以将益生菌摄入量减到一半，用来巩固益生菌的效果，一直坚持到半年，然后可停用。对大多数人来讲，停用后，这一最优化的效果可以维持一段时间，大约半年到一年。但由于生活、饮食习惯等各种原因，现代城市人的生活方式较容易使肠道菌群不能到达最佳状态，就需要阶段性的补充益生菌。
