过敏菌商城孔学君领导的实验团队发现，自闭症孩子存在消化道问题的比例非常高，“消化道中最显著的是肠道菌群异常。”他们通过基因组检测发现，自闭症群体的肠道菌群组成的量和种类都和正常人不同，甚至跟他们的父母、跟他们生活环境完全相同的健康的兄弟姐妹也不一样。
孔学君教授表示：“肠道菌群可以通过代谢产物直接影响大脑功能，因此，肠道又被称为‘第二大脑’。粪便移植要是能够改变肠道菌群的状况，就可以进而改变大脑的功能。”
来自台湾的“益生菌之父”蔡英杰教授介绍了自己关于植物乳酸杆菌PS128的研究成果，他表示，连续使用PS1284益生菌4周后，可以有效减少自闭症孩子的重复和强迫行为，减少他们的焦虑和冲动，改善睡眠和社交能力。
一些专家认为，通过益生菌治疗自闭症虽然很有前景，但目前还处于研究阶段，需要大量的评估才可能实现真正的个体化应用。目前在世界范围内，自闭症都没有有效的生物医学治疗方法，多数方法还处于研究或起步阶段。
家有自闭症患儿的陈女士表示，他们在家长群里也经常讨论食物过敏问题，这一年来她查阅了许多文献资料，也在网上找了关于益生菌、食疗的资讯。“关于益生菌治疗的大部分信息都是碎片化的，里面还有好多民营医院、保健品企业的宣传。”包括陈女士在内的许多自闭症儿童的家长，都不清楚关于益生菌等生物疗法的研究进展到了何种程度。
深圳妇幼保健院儿童心理与康复科主任万国斌教授表示：“大多数自闭症患者都伴有其他躯体和精神疾病，如多动症、情绪障碍、睡眠问题、消化道功能紊乱、免疫问题等，家长亟需解决孩子这些问题，四处寻医问药，但目前国内医生对这些问题很少关注。”
PS128菌株减缓忧郁行为
忧郁鼠不太游泳、喜欢待在封闭空间与角落， 因此，研究团队将忧郁鼠与正常鼠放在水中、高架十字迷宫、空旷的箱子里，观察吃过PS128菌株前后的忧郁老鼠、正常老鼠的行为差别；再看老鼠脑中的「多巴胺」、「血清素」、「压力荷尔蒙」浓度变化，因为多巴胺具有传递快乐、兴奋情绪的功能，大脑中的血清素则可减缓易怒、焦虑。
研究发现，服用过PS128的忧郁老鼠，在水中变得很会游泳、也会待在开放的空间、在空旷的箱子里跑来跑去，活动力、冒险欲望都恢复旺盛；另外，「多巴胺」、「血清素」浓度也在老鼠吃下PS128后上升，「压力荷尔蒙」浓度在压力下有降低现象，却不影响老鼠对压力的反应。
肠道是人体第一大脑
日本益生菌权威、理化学研究所辨野义己博士表示，自己曾研究过三千多个人类大便，对照受试者的生活习惯，发现肠道健康与人的情绪、记忆、学习紧密相关，肠道过去被称为「第二大脑」，但在21世纪，加入心理精神因素，称肠道为「第一大脑」一点也不为过。
本研究为经济部学界科专计划，蔡英杰表示，已向美国、台湾申请专利，不限于忧郁症、相关精神疾病都可能是受益对象，包括强迫症、自闭症等；未来发展成食品、保健食品、药品，预计1年可成为食品，但药品还要经过人体实验，需等5至10年。制药厂商说，目前市面场还没有针对精神、心理方面的保健食品，市场需求很大，透过研究，相关保健食品约3年左右可上市。
梅当阳强调，精神疾病主因可分为生理跟社会心理，前者与脑中神经传导素有关，理当用药，后者出于婚姻、人际等原因，需要心理治疗，用药恐怕恐怕事半功倍，病人应先到精神专科就诊，厘清疾病导火线，不应乱吃药。
董氏基金会食品营养组主任许惠玉表示，肠道是吸收营养的器官，多吃蔬果有助于「培养肠道制造好菌的环境跟能力」。
