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常使用的益生菌主要有：双岐杆菌属和乳酸杆菌属。
其中，肠道内的双歧杆菌共有8种, 数量最多的是两歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、青春双歧杆菌、长双歧杆菌和短双歧杆菌。
在不同的年龄阶段，人体肠道内双歧杆菌的组成和比例有不一样的，比如在儿童阶段，以婴儿双歧杆菌、两歧双歧杆菌和长双歧杆菌为主；而青壮年和老年人则主要以青春双歧杆菌和长双歧杆菌为主。另外，随着年龄增长、不良饮食习惯和疾病等影响, 人体肠道内双歧杆菌的数量和比例很有可能会大幅下降, 不利于人体健康。
益生菌的生理功能
抑制致病菌
益生菌可与致病菌竞争生存空间和“食物”，此外益生菌还可以耐受胆汁和抗酸，可黏附于宿主表皮组织作为致病菌的拮抗剂，从而抑制致病菌在肠道内定植，维持肠道菌群平衡，对感染性腹泻、抗生素过敏性腹泻和放射性过敏性腹泻具有很好的预防和治疗作用。
为肠道细胞提供能量
益生菌可以分解益生元（益生菌的食物）生成有机酸（主要是丁酸），为肠道细胞提供能量。而且生成的短链脂肪酸还能降低肠道的 pH 值，抑制有害菌的生长，以及促进Ca和Mg等矿物质的吸收。
改善乳糖不耐受
世界上约有70％的人因肠道内缺乏β-半乳糖苷酶，无法完全分解乳糖，没有完全吸收的乳糖就会改变结肠腔内的渗透平衡，引起水样腹泻，从而表现出乳糖不耐受。另外，大量乳糖还可能会导致肠内菌群失衡。而益生菌可以改善肠道生理状态，增强对乳糖的消化和耐受能力。
致病菌可以和肠道上皮细胞结合，诱导粘膜和巨噬细胞程序性死亡，从而引起炎症反应。而益生菌可以利用它的黏附特性来诱导免疫：益生素与病原菌竞争，黏附并定植肠上皮细胞，增大细胞间隙，刺激巨噬细胞产生特异性抗体如免疫球蛋白A（IgA），有效抑制肠道感染；另外，益生菌可显著增强血液粒性白细胞的吞噬活性，增强机体的非特异性免疫。
预防和改善食物过敏
肠道微生物是肠粘膜屏障的重要组成部分，益生菌可增强患特异反应性皮炎和食物过敏病人的内源性屏障机制，从而改善食物过敏。益生菌可以把牛奶中引起过敏的蛋白质降解成可耐受的多肽，从而防止或减少食物过敏。益生菌诱导免疫球蛋白A， 加快清除抗原，从而预防过敏性炎症的发生。益生菌可以降低患湿疹和牛奶过敏症婴儿体内的α1-胰蛋白酶抑制剂和粪便中肿瘤坏死因子的含量，从而改善过敏症状。
